Dinas Perikanan dan Peternakan dibentuk pertama kali pada Tahun 2004 dengan nama “Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan” yang sebelumnya merupakan penggabungan dari dua dinas yaitu Dinas Perikanan dan Dinas Peternakan. Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan ditetapkan melalui Peraturan Daerah Kabupaten Garut Nomor 8  Tahun 2004 tentang Pembentukan Organisasi Dinas Daerah Kabupaten Garut dimana tugas pokok dan fungsinya ditetapkan berdasarkan Keputusan Bupati Garut Nomor 317 Tahun 2004 tentang tugas pokok, fungsi, dan tata kerja Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Kabupaten Garut.

Dengan ditetapkannya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah yang diikuti dengan diterbitkannya Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah, maka tugas pokok, fungsi dan kewenangan Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan mengalami perubahan. Hal ini diperkuat dengan terbitnya Peraturan Daerah Kabupaten Garut Nomor 6 Tahun 2016 tentang Urusan Pemerintahan Konkuren Kabupaten Garut.

Melalui penetapan Peraturan Daerah Kabupaten Garut Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Garut, Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan kemudian berubah nama menjadi Dinas Perikanan dan Peternakan.  Perubahan nomenklatur tersebut terjadi karena adanya perubahan kewenangan urusan sebagaimana ditetapkan dalam Undang-undang No. 23 Tahun 2014 dimana sebagian urusan sektor kelautan diambil alih menjadi kewenangan provinsi.