Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Garut Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Garut, organisasi Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Garut terdiri dari Kepala Dinas, Sekretaris dan empat bidang yaitu Bidang Perikanan Tangkap, Bidang Perikanan Budidaya, Bidang Peternakan dan Bidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veterineer. Dinas Perikanan dan Peternakan juga dibantu oleh 29 Unit Pelayanan Teknis Dinas (UPTD) yang terdiri dari 6 UPTD Kabupaten dan 23 UPTD Wilayah.
Berdasarkan Peraturan Bupati Garut Nomor 66 Tahun 2016 tentang Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Garut. susunan organisasi Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Garut terdiri dari Kepala Dinas, Sekretaris dan empat bidang teknis yaitu (1) Bidang Perikanan Budidaya, (2) Bidang Perikanan Tangkap, (3) Bidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner; dan (24) Bidang Peternakan.
Struktur organisasi Dinas Perikanan dan Peternakan terdiri atas :
- Kepala Dinas
- Sekretaris, membawahi :
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
- Sub Bagian Keuangan dan Barang Milik Daerah;
- Sub Bagian Perencanaan, Evaluasi dan Pelaporan.
- Bidang Perikanan Tangkap, membawahi :
- Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Tangkap;
- Seksi Produksi Perikanan Tangkap;
- Seksi Pemberdayaan Nelayan Kecil.
- Bidang Perikanan Budidaya, membawahi :
- Seksi Sarana dan Prasarana Perikanan Budidaya;
- Seksi Produksi Perikanan Budidaya;
- Seksi Pemberdayaan Pembudidaya.
- Bidang Peternakan, membawahi :
- Seksi Sarana Prasarana;
- Seksi Produksi;
- Seksi Pengembangan Usaha.
- Bidang Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veterineer, membawahi :
- Seksi Kesehatan Hewan;
- Seksi Kesehatan Masyarakat Veterineer;
- Seksi Pengamatan Penyakit Hewan.
- Unit Pelaksana Teknis Dinas ( UPTD ), terdiri dari :
UPTD Kabupaten sebanyak 6 UPTD, meliputi :- UPTD Rumah Potong Hewan;
- UPTD Pasar Hewan;
- UPTD Pusat Kesehatan Hewan;
- UPTD Balai Benih Ikan;
- UPTD Pasar Ikan
- UPTD Tempat Pelelangan Ikan.
UPTD Wilayah sebanyak 23 UPTD, meliputi :
- Kepala UPTD Wil. Kec. Tarogong Kidul dan Tarogong Kaler
- Kepala UPTD Wil. Kec. Karangpawitan
- Kepala UPTD Wil. Kec. Banyuresmi
- Kepala UPTD Wil. Kec. Malangbong
- Kepala UPTD Wil. Kec. Leuwigoong dan Cibiuk
- Kepala UPTD Wil. Kec. Bayongbong dan Cigedug
- Kepala UPTD Wil. Kec. Leles
- Kepala UPTD Wil. Kec. Garut Kota dan Cilawu
- Kepala UPTD Wil. Kec. Sukawening dan Karangtengah
- Kepala UPTD Wil. Kec. Samarang dan Pasirwangi
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cibatu dan Kersamanah
- Kepala UPTD Wil. Kec. Sucinaraja, Wanaraja dan Pangatikan
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cisurupan dan Sukaresmi
- Kepala UPTD Wil. Kec. Limbangan dan Selaawi
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cikajang
- Kepala UPTD Wil. Kec. Bungbulang
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cisompet dan Cihurip
- Kepala UPTD Wil. Kec. Singajaya dan Peundeuy
- Kepala UPTD Wil. Kec. Pakenjeng dan Pamulihan
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cisewu dan Talegong
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cikelet dan Pameungpeuk
- Kepala UPTD Wil. Kec. Cibalong
- Kepala UPTD Wil. Kec. Mekarmukti dan Caringin